从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体（Receptor-based virtual screening）的虚拟筛选和基于配体(ligand-based virtual screening)的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选也称为基于结构的虚拟筛选，利用分子对接技术，基于受体的三维结构，在结合位点处自动的匹配化合物数据库中的小分子，然后对可能的结合模式运用基于分子力场的打分函数进行结合能计算

为了达到文章发表的需求，我们需要对分子模拟计算后的图像进行处理，以得到高质量的图片。而Schrodinger软件中自带了多种方式更改配体/受体显示形式，预设也提供了以多种样式快速渲染结构。 本次教程以1FJS以及原配体为例，对更改配体及蛋白的显示类型、生成表面以及生成2D相互作用方式图进行详细步骤解读，以获取可用于文章发表的图像。 ①设定配体及受体显示形式从PDB数据库下载好的蛋白晶体结

借助Schrodinger软件对蛋白结构进行预处理与结构优化，以该方法处理完成的蛋白结构可用于分子对接、建模等以蛋白受体结构为研究对象的研究任务。 蛋白处理从PDB、供应商和其他来源获得的结构文件往往缺乏执行建模相关任务所需的信息。通常，这些文件缺少氢、部分电荷、侧链和/或整个loop区域。为了使这些结构适合于建模、分子对接等任务，我们使用Schrödinger软件包中的蛋白质处理工具P

本文收发于：叮当学术 在进行分子对接之前，如果需对接的小分子为1D或2D结构，我们首先要将小分子转换为三维结构并进行加氢、加电荷、生成分子构象等标准化处理。这里我们将以Schrodinger软件包中的小分子处理工具LigPrep来对小分子进行处理，经该步骤处理完成的小分子可用于分子对接、虚拟筛选等以小分子为研究对象的分子模拟计算研究。 一、小分子处理本教程中以PDB编号为1FJS的蛋白结构中的共结

Schrodinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，它可以实现以下各种应用： 1. 高通量虚拟筛选：薛定谔软件的虚拟筛选功能提供一站式的设置界面，用户可以定义特定的性质，以便过滤掉不满足性质的化合物，在多CPU的集群上高速完成针对大规模化合物库的虚拟筛选工作；所需模块：Glide, LigPrep, QikProp, Epik, Sitemap, Liaision。 2. 精确对接：针对虚拟

一、数据选择1.点击Create→Simulation 2.Module Structure模型结构教程中以标准欧洲男性使用Theophyline，100mg Q8h7d为例演示，化合物符合标准小分子模型 3.Compounds一般情况下保持默认即可 4.Processes处理过程参考之前的模型设置，保持默认即可 5.Administration在这一步中选择之前创建的过程，直接选中即可

一、新建吸收公式对于在给药方法中使用Oral的药物，必须创建吸收公式，才能进一步参与运算。 新建吸收公式，可以点击Create中的Formulation，也可以右键点击Building Blocks中的Formulation。系统自带吸收公式为香豆素（华法林）。 系统支持的创建方法有：Weibell（威布尔模型）、Lint80、Particle Dissolution（颗粒溶解）、Table、

化合物在这里是指给到实验者体内的药物，可以通过两个途径新建。 注意，化合物与最终给到患者体内的药物存在区别，如果选择Oral途径，还需要指定Formulation，静脉给药途径可以直接选择化合物为药物。 一、新建化合物点击“Create”区域的“Compound”可以打开新建化合物对话框，在这里便可以设置相关参数。 二、吸收分布代谢排泄过程在这部分中，以系统内置的药物茶碱（Theophyline

个体实例作为生理药代动力学的基本对象，是在模拟中不可或缺的一项。本期以软件自带的用于药-药相互作用研究的标准欧洲男性为例说明新建个体的步骤与可调的参数。 一、新建个体 点击“Create”中的“Individual”，打开对话框。 也可以右键点击“Building Blocks”中的“Individuals”，选择“Load From Template”，导入系统预设的人口模型。 二、设置人口

在上一教程中，我们简要介绍了PK-Sim软件能实现的功能和下载安装的操作。这这一期中，我们将介绍软件的界面内容与基本的操作流程，为后期的模型创建和模拟操作打下基础。 整体软件的操作逻辑遵从从小到大，从低到高的流程。 药代动力学（A）与生理药代动力学（B）的模型结构区别 与MoBi软件的结合&区别 软件工作架构 选项卡1：File 是基本的文件操作，从上往下分别是 新建工程（New