ACDLabs Pro药物化学人士必备工具软件

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硬核工具 软件教程
药物化学工具软件

目前为止的连花清瘟微博舆论风波记录，有可能是全网最客观最详细的

内容来源：@月半_投资笔记 第一轮发酵： 1、人民网石家庄4月6日发布新闻：《世卫组织认可中医药治疗新冠疗效 连花清瘟防治获得可靠依据》，各大平台转载。利益相关：连花清瘟制造药企总部位于石家庄（图一）； 2、@睡前消息编辑部 4月10日发布《世卫组织“推荐”连花清瘟，谁告诉你的》，指出这篇文章做了巧妙的内容拼接，文件中确实有中方专家向世卫组织成员国推荐中药（图二），但是并没有第一时间和连花清瘟联

社会观察

广义估计方程GEE学习心得

广义估计方程（generalized estimating equation, GEE）用于估计广义线性模型的参数（其中线性模型的结果之间可能存在未知的相关性）。于1986年由Liang和Zeger首次提出，是在广义线性模型和重复测量数据中，运用准似然估计方法估计参数的一种用于分析相关性数据的回归模型。 简介 对于观察值是连续性变量的重复测量资料，一般可以采用单变量方差分析（ANOVA）或多元方差

科学技术
学习笔记 统计学

薛定谔07：借助Schrodinger软件由单个配体创建药效团模型

药效团（pharmacophore）是配体被生物大分子进行分子识别所必需的物理化学特征及其空间排布。这些“药效特征元素”是配体与受体发生相互作用时的活性部位,它们可以是某些具体的原子或原子团,比如氧原子、羟基、羰基等,也可以是抽象的化学功能结构,如疏水团、氢键给体、氢键受体等。药效团模型方法就是一种最为杰出的基于配体结 构的药物分子设计方法。 药效团的类型有多种，本次教程为大家分享Schrodin

学习笔记 Schrodinger
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薛定谔06：借助Schrodinger软件进行基于结构的虚拟筛选（下篇）

从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体（Receptor-based virtual screening）的虚拟筛选和基于配体(ligand-based virtual screening)的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选也称为基于结构的虚拟筛选，利用分子对接技术，基于受体的三维结构，在结合位点处自动的匹配化合物数据库中的小分子，然后对可能的结合模式运用基于分子力场的打分函数进行结合能计算

学习笔记 Schrodinger
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薛定谔05：借助Schrodinger软件进行基于结构的虚拟筛选（中篇）

从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体（Receptor-based virtual screening）的虚拟筛选和基于配体(ligand-based virtual screening)的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选也称为基于结构的虚拟筛选，利用分子对接技术，基于受体的三维结构，在结合位点处自动的匹配化合物数据库中的小分子，然后对可能的结合模式运用基于分子力场的打分函数进行结合能计算

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薛定谔04：借助Schrodinger软件进行基于结构的虚拟筛选（上篇）

从原理上来讲，虚拟筛选可以分为两类，即基于受体（Receptor-based virtual screening）的虚拟筛选和基于配体(ligand-based virtual screening)的虚拟筛选。 基于受体的虚拟筛选也称为基于结构的虚拟筛选，利用分子对接技术，基于受体的三维结构，在结合位点处自动的匹配化合物数据库中的小分子，然后对可能的结合模式运用基于分子力场的打分函数进行结合能计算

学习笔记 Schrodinger
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薛定谔03：借助Schrodinger软件可视化配体-受体复合物结构

为了达到文章发表的需求，我们需要对分子模拟计算后的图像进行处理，以得到高质量的图片。而Schrodinger软件中自带了多种方式更改配体/受体显示形式，预设也提供了以多种样式快速渲染结构。 本次教程以1FJS以及原配体为例，对更改配体及蛋白的显示类型、生成表面以及生成2D相互作用方式图进行详细步骤解读，以获取可用于文章发表的图像。 ①设定配体及受体显示形式从PDB数据库下载好的蛋白晶体结构需要进行

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